Génomique des tortues d'Amérique centrale

Projet de génétique de la conservation

De la taxonomie à la santé des populations : combler les lacunes critiques en matière de connaissances grâce aux données génomiques

L'Amérique centrale est un carrefour majeur de la biodiversité mondiale, une zone de transition entre les régions néarctique et néotropicale, abritant une concentration exceptionnelle de tortues marines, unique au monde. La région comprend des lignées évolutives uniques, comme la famille monotypique des Dermatemydidae et les Staurotypinae, endémiques. Pourtant, sa faune de tortues est confrontée à des menaces croissantes. La transformation rapide de l'utilisation des terres a fragmenté les habitats, et la recherche scientifique s'est historiquement concentrée sur un petit nombre de sites accessibles. De ce fait, de vastes zones et plusieurs espèces restent mal connues, ce qui engendre d'importantes lacunes dans les informations nécessaires à leur conservation.

Notre projet utilise des outils génomiques modernes pour combler ces lacunes et renforcer la planification de la conservation des tortues d'Amérique centrale. Pour les espèces pour lesquelles les données sont insuffisantes, comme la tortue musquée à pont étroit ( Kinosternon angustipons ), la tortue des bois ( Rhinoclemmys annulata ) , la tortue serpentine d'Amérique centrale ( Chelydra rossignoni ) et la tortue serpentine d'Amérique du Sud ( Chelydra acutirostris ) , nous générons les premiers ensembles de données démographiques et de génomique des populations exhaustifs. Ces analyses révèlent des schémas de diversité génétique, des variations de taille de population, la connectivité et le risque de consanguinité – des informations essentielles pour identifier les populations vulnérables et concevoir des actions de conservation efficaces.

Nous nous efforçons de clarifier les groupes taxonomiques complexes, notamment au sein des genres Trachemys et Rhinoclemmys . Ces tortues comprennent de nombreuses espèces et sous-espèces dont les relations évolutives sont mal définies et souvent contradictoires d'une étude à l'autre. Des analyses génomiques à haute résolution nous permettent de tester des hypothèses concurrentes, d'identifier des lignées évolutives distinctes et de déterminer quelles unités méritent une gestion de conservation spécifique.

Enfin, nous menons une révision phylogénomique de la tortue fluviale d'Amérique centrale ( Dermatemys mawii), une espèce en danger critique d'extinction (photo ci-contre). Grâce à un échantillonnage extensif couvrant l'ensemble de son aire de répartition, nous cherchons à clarifier son histoire évolutive, à évaluer la structure potentielle de sa population et à déterminer l'existence de lignées encore inconnues – des informations essentielles pour orienter les efforts de rétablissement de cette espèce culturellement importante et fortement menacée.

En combinant contexte régional, échantillonnage sur le terrain et génomique de pointe, ce projet fournit les bases scientifiques nécessaires à la protection de l'une des communautés de tortues les plus menacées et pourtant les moins étudiées au monde.

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